Software on JADE
The software initially installed on the machine is listed in the following table:
Application |
Version |
Note |
|---|---|---|
GNU compiler suite |
13.3.0 |
|
GNU compiler suite |
12.3.0 |
|
OpenMPI |
5.0.3 |
Inlcudes multi-thread support |
Gromacs |
2024.3 |
This software has been built from source and installed as modules. To list the source built applications do:
[user@jade-login ~]$ module avail
------------------------------------------ /apps/system/modules -------------------------------------------
AMD-LLVM/6.2.1-foss-2024a AdaptiveCpp/24.06.0-foss-2024a (D)
AMD-LLVM/6.2.2-foss-2024a (D) GROMACS/2024.3-foss-2024a-mpi
AdaptiveCpp/24.06.0-foss-2024a-ROCm-6.2.1 GROMACS/2024.3-foss-2024a-tmpi (D)
AdaptiveCpp/24.06.0-foss-2024a-ROCm-6.2.2
----------------------------------- /apps/system/easybuild/modules/all ------------------------------------
Anaconda3/2024.02-1 XZ/5.4.5-GCCcore-13.3.0
Autoconf/2.71-GCCcore-12.3.0 Z3/4.13.0-GCCcore-13.3.0
Autoconf/2.72-GCCcore-13.3.0 (D) binutils/2.40-GCCcore-12.3.0
Automake/1.16.5-GCCcore-12.3.0 binutils/2.40
Automake/1.16.5-GCCcore-13.3.0 (D) binutils/2.42-GCCcore-13.3.0
Autotools/20220317-GCCcore-12.3.0 binutils/2.42 (D)
Autotools/20231222-GCCcore-13.3.0 (D) bzip2/1.0.8-GCCcore-12.3.0
BLIS/1.0-GCC-13.3.0 bzip2/1.0.8-GCCcore-13.3.0 (D)
Bison/3.8.2-GCCcore-12.3.0 cURL/8.0.1-GCCcore-12.3.0
Bison/3.8.2-GCCcore-13.3.0 cURL/8.7.1-GCCcore-13.3.0 (D)
Bison/3.8.2 (D) fio/3.36-GCCcore-12.3.0
Boost/1.85.0-GCC-13.3.0 flex/2.6.4-GCCcore-12.3.0
CMake/3.29.3-GCCcore-13.3.0 flex/2.6.4-GCCcore-13.3.0
Clang/18.1.8-GCCcore-13.3.0 flex/2.6.4 (D)
EasyBuild/4.9.4 foss/2024a
FFTW.MPI/3.3.10-gompi-2024a gettext/0.22.5
FFTW/3.3.10-GCC-12.3.0 gompi/2024a
FFTW/3.3.10-GCC-13.3.0 (D) gzip/1.13-GCCcore-13.3.0
FlexiBLAS/3.4.4-GCC-13.3.0 help2man/1.49.3-GCCcore-12.3.0
GCC/12.3.0 help2man/1.49.3-GCCcore-13.3.0 (D)
GCC/13.3.0 (D) hwloc/2.10.0-GCCcore-13.3.0
GCCcore/12.3.0 libarchive/3.7.4-GCCcore-13.3.0
GCCcore/13.3.0 (D) libevent/2.1.12-GCCcore-12.3.0
GMP/6.3.0-GCCcore-13.3.0 libevent/2.1.12-GCCcore-13.3.0 (D)
ICU/75.1-GCCcore-13.3.0 libfabric/1.18.0-GCCcore-12.3.0
LAPACK/3.12.0-GCC-13.3.0 libfabric/1.21.0-GCCcore-13.3.0 (D)
LLVM/18.1.8-GCCcore-13.3.0 libffi/3.4.4-GCCcore-12.3.0
M4/1.4.19-GCCcore-12.3.0 libffi/3.4.5-GCCcore-13.3.0 (D)
M4/1.4.19-GCCcore-13.3.0 libpciaccess/0.17-GCCcore-12.3.0
M4/1.4.19 (D) libpciaccess/0.18.1-GCCcore-13.3.0 (D)
Meson/1.4.0-GCCcore-13.3.0 libreadline/8.2-GCCcore-12.3.0
Miniconda3/23.10.0-1 libreadline/8.2-GCCcore-13.3.0 (D)
Ninja/1.12.1-GCCcore-13.3.0 libtool/2.4.7-GCCcore-12.3.0
OpenBLAS/0.3.27-GCC-13.3.0 libtool/2.4.7-GCCcore-13.3.0 (D)
OpenMPI/5.0.3-GCC-13.3.0 libxml2/2.12.7-GCCcore-13.3.0
OpenSSL/1.1 lz4/1.9.4-GCCcore-13.3.0
OpenSSL/1.1.1w-GCCcore-12.3.0 make/4.4.1-GCCcore-12.3.0
OpenSSL/3 (D) make/4.4.1-GCCcore-13.3.0 (D)
PMIx/5.0.2-GCCcore-13.3.0 ncurses/6.4-GCCcore-12.3.0
PRRTE/3.0.5-GCCcore-13.3.0 ncurses/6.5-GCCcore-13.3.0
Perl/5.36.1-GCCcore-12.3.0 ncurses/6.5 (D)
Perl/5.38.0 numactl/2.0.16-GCCcore-12.3.0
Perl/5.38.2-GCCcore-13.3.0 (D) numactl/2.0.18-GCCcore-13.3.0 (D)
Python/3.12.3-GCCcore-13.3.0 pkgconf/1.8.0
SQLite/3.42.0-GCCcore-12.3.0 pkgconf/1.9.5-GCCcore-12.3.0
SQLite/3.45.3-GCCcore-13.3.0 (D) pkgconf/2.2.0-GCCcore-13.3.0 (D)
ScaLAPACK/2.2.0-gompi-2024a-fb xorg-macros/1.20.0-GCCcore-12.3.0
Tcl/8.6.13-GCCcore-12.3.0 xorg-macros/1.20.1-GCCcore-13.3.0 (D)
Tcl/8.6.14-GCCcore-13.3.0 (D) zlib/1.2.13-GCCcore-12.3.0
UCC/1.3.0-GCCcore-13.3.0 zlib/1.2.13
UCX/1.14.1-GCCcore-12.3.0 zlib/1.3.1-GCCcore-13.3.0
UCX/1.16.0-GCCcore-13.3.0 (D) zlib/1.3.1 (D)
UnZip/6.0-GCCcore-12.3.0 zstd/1.5.6-GCCcore-13.3.0
UnZip/6.0-GCCcore-13.3.0 (D)
Where:
D: Default Module
The following are the available applications, libraries and development tools on the JADE cluster: